فاکتور های مختلفي در طعم تلخ پنير نقش دارند.از عوامل موثر در ایجاد تلخی میتوان به موارد زیر اشاره کرد:
استفاده بيش از حد رنت و يا فعاليت زياد رنت،نوع رنت، دما، pH ،(آنزيمها در دما و pH مطلوب خود فعاليت مناسبی دارند. اگر فعاليت آنزيمي كم باشد یا دلمه شدن رخ نمی دهد و يا بافت پنير شل مي شود و از سوی دیگر اگر فعاليت بيش از حد باشد موجب تلخي پنير میگردد. مطلوبترين دما براي فعاليت كيموزين بين 31 تا 45درجه سانتي گراد است به همین دلیل حفظ زنجيره سرمايي پنیراز توليد تا مصرف حائز اهمیت است.اگر دماي پنير پس از پروسه توليد به 31 -45 درجه سانتي گراد برسد باعث بروز طعم تلخي ناشی از بالا بودن سرعت واکنش آنزیم های رنت باقی مانده میشود)،مقدار چربي، مقدار ونوع نمك(وجود ناخالصي در نمك طعام مصرفي همچون وجود منيزيم و يا مصرف بيش از حد پتاسيم كلريد نيز باعث تلخي پنير مي شوند)، شیرمورد استفاده (در صورتی که حاوي مقادير زياد پروتئينازهاي توليد شده توسط باكتريهاي سرما گرا باشد مستعد بروز تلخی است.)،آنزيمهاي منعقد كننده نامناسب (آنزيم هاي منعقد كننده شامل انوع آنزيمها با منشا حيواني، ميكروبي، گياهي و پپتیداز های طبیعی شیر میباشند.انزبم های گیاهی در مفادیر زیاد منجر به تلخی میشوند).همچنین اگر اسيدامینه هاي هیدروفوب نظیر لوسين، ايزو لوسين و والین در انتهاي C ترمينال پپتيدها قرار داشته باشند، در انتهاي بلاك شده پپتيد های كازئينی طعم تلخي بیشتری احساس شده که معمولا این مشکل از وسط زنجيره بتا كازئين و αS1 كازئين و به دلیل دارا بودن اسیدآمینه های عامل تلخي ناشی میشود.حضورآنتي بيوتيك و باكتريوفاژ ها در شیر باعث كاهش استارتر مي شود و کاهش استارتر در ایجاد تلخی میتواند موثر باشد.(در پنیرهای بدون استارتر سایر فاکتورهای ذکر شده باعث تلخی میشوند)از سوی دیگر برخي استارترها داراي پروتئينازهايي هستند كه به طور مستقيم پپتيد هاي تلخ تولید مي كنند و به دلیل فعالیت پپتیدازی کم آنها امکان تجزیه ی این پپتیدهای تلخ وجود ندارد.شناخت دقیق مشکل و علت تلخی به یافتن راه حل و رفع آن کمک یسیاری میکند.